Transcribing DNA to RNA (Rosalind)

  

Halo teman-teman, apa kabar? Kali ini saya ingin membahas sedikit tentang salah satu problem yang ada di web rosalind.info. Judulnya ialah "Transcribing DNA to RNA". Sebagai acuan, teman-teman bisa cek dahulu problem yang akan kita bahas (disini). 

Transcribing DNA to RNA, seperti namanya, disini kita akan berlatih untuk men-transcribe atau menerjemahkan senyawa-senyawa yang ada di DNA ke senyawa-senyawa yang ada di RNA. Seperti yang sudah kita ketahui senyawa-senyawa antara DNA dan RNA itu sama semua kecuali thymine (yang ada di DNA) yang akan berubah menjadi uracil ketika menjadi RNA. Uracil disini disingkat 'U'. Jadi untuk menerjemahkan DNA ke RNA kita hanya perlu mengganti senyawa thymine (T) menjadi uracil (U). Berikut kode untuk pengerjaannya (dalam bahasa java) :

public void solve() {

String s = in.read();

out.println(s.replace('T', 'U'));

}

Seperti yang teman-teman lihat, kodenya cukup simpel. Kita cuman cukup mengganti huruf 'T' yang ada di string tersebut menjadi huruf 'U'. Untuk cara yang lain, teman-teman bisa membaca masing-masing karakter (char) yang ada di string tersebut dengan for loop (for (char ch : s.toCharArray())), kemudian mengganti karakter 'T' menjadi 'U' secara manual. 

Dan untuk outputnya saya memakai fungsi out.println(). Fungsi tersebut adalah modifikasi dari fungsi System.out.println()  yang merupakan fungsi default di java. Untuk lebih jelasnya teman-teman bisa melihat kode tambahan untuk memodifikasi fungsi tersebut di versi lengkap kode saya di github. 

Bagi teman-teman yang bertanya kenapa saya memakai bahasa java, jawabannya ialah karena saya suka penulisan di bahasa java. Dan untuk di rosalind, kita tidak harus menggunakan bahasa pemrograman tertentu untuk menjawab problem-problem yang ada karena disini jawaban yang diinginkan ialah berupa text atau hasil output-nya, bukan kodenya, jadi teman-teman bisa bebas memilih bahasa pemrograman apapun yang teman-teman kuasai, asalkan benar. Tapi, memang untuk di dunia bioinformatika sendiri bahasa yang paling familiar (menurut sepengetahuan saya) ialah bahasa python. 

Bahasa python bisa dibilang bahasa yang relatif mudah untuk dipahami, terutama karena penulisannya singkat dan tidak bertele-tele seperti di bahasa pemrograman lain. Sekarang banyak sumber-sumber yang bisa dijadikan acuan bagi teman-teman yang ingin mempelajari bahasa python. Dan di rosalind sendiri terdapat genre problem khusus untuk mempelajari dasar-dasar bahasa python. Jadi bagi teman-teman yang ingin mempelajari bioinformatika ataupun yang ingin mempelajari bahasa python bisa mampir ke web rosalind untuk belajar bersama-sama. 

Sekian dari saya. Jika teman-teman ingin menanyakan sesuatu, teman-teman bisa menulisnya di kolom komentar. Semoga bermanfaat dan sampai jumpa di artikel berikutnya!

Referensi :

Sumber gambar 1 :https://www.facebook.com/ProjectRosalind/