Finding a Spliced Motif (Rosalind)

     

   

Halo teman-teman, apa kabar? Kali ini saya ingin membahas sedikit tentang salah satu problem yang ada di web rosalind.info. Judulnya ialah "Finding a Spliced Motif". Sebagai acuan, teman-teman bisa cek dahulu problem yang akan kita bahas (disini). 

Overview 

Di problem ini kita akan disajikan 2 string dalam format FASTA, sebut saja s dan t. String pertama (atau s) mewakili urutan sebuah DNA, sedangkan string kedua (atau t) mewakili subsequence dari string s. Tugas kita ialah mencari index dari subsequence t tersebut pada string s. Sebagai contoh, index dari subsequence "ACG" di string "TATCCAG" ialah (2, 4, 7) dan (2, 5, 7). 

Kode Pengerjaan

Berikut kode pengerjaannya dalam bahasa java :

1. static void solve() {
2. Scanner sc = new Scanner(System.in);
3. String strand = "";
4. String sample = "";
5. boolean ganti = false;
6. sc.next();
7. while (sc.hasNext()) {
8. String masuk = sc.next();
9. if (masuk.charAt(0) == '>') {
10. ganti = true; continue;
11. }
12. if (ganti) {
13. sample += masuk;
14. }
15. else {
16. strand += masuk;
17. }
18. }
19. int pvt = 0;
20. for (int i = 0; i < sample.length(); i++) {
21. while (strand.charAt(pvt) != sample.charAt(i)) {
22. pvt++;
23. }
24. out.print((pvt + 1) + " ");
25. pvt++;
26. }
27. } 
    

Input dan Output

Seperti yang teman-teman lihat, disini saya memakai fungsi next() (baris 8) untuk meng-input data string. Saya juga menggunakan hasNext() (baris 7) dikarenakan fungsi tersebut mampu meng-input data yang tidak diketahui jumlahnya. Fungsi tersebut sangat cocok jika dipakai untuk menangani input dengan format FASTA. 

Sedangkan untuk output-nya saya memakai fungsi out.print() (baris 24). Fungsi tersebut adalah modifikasi dari fungsi System.out.print() yang merupakan fungsi default di java. Untuk lebih jelasnya, teman-teman bisa melihat kode tambahan untuk memodifikasi fungsi tersebut (input maupun output) di versi lengkap kode saya di github. 

Sekian dari saya. Jika teman-teman ingin menanyakan sesuatu, teman-teman bisa menulisnya di kolom komentar. Semoga bermanfaat dan sampai jumpa di artikel berikutnya!

Referensi :

Sumber gambar 1: https://www.facebook.com/ProjectRosalind/