Computing GC Content (Rosalind)

     

Halo teman-teman, apa kabar? Kali ini saya ingin membahas sedikit tentang salah satu problem yang ada di web rosalind.info. Judulnya ialah "Computing GC Content". Sebagai acuan, teman-teman bisa cek dahulu problem yang akan kita bahas (disini). 

 

Di problem ini kita akan disajikan beberapa string DNA menggunakan format FASTA. Kemudian dari string-string tersebut kita ditugaskan untuk mencari string manakah yang mempunyai GC-content yang paling banyak. GC-content sendiri ialah presentase dari jumlah senyawa guanine (G) dan cytosine (C) dari total keseluruhan senyawa di DNA tersebut. Sebagai contoh DNA "GCATA" mempunyai GC-content yaitu 2/5 (0.4). 

Berikut kode untuk pengerjaannya (dalam bahasa java) :

static class Data {

double Max = 0.0;

String Name = "";

}

static void solve() {

Scanner sc = new Scanner(System.in);

Data result = new Data();

String name = "";

String nameCadangan = "";

boolean nameCadanganDipake = false;

while (sc.hasNext()) {

         if (!nameCadanganDipake) name = sc.next();

else {

name = nameCadangan;

nameCadanganDipake = false;

}

name = name.substring(1, name.length());

String s = "";

while (sc.hasNext()) {

nameCadangan = sc.next();

if (nameCadangan.charAt(0) == '>') {

nameCadanganDipake = true;

break;

}

s += nameCadangan;

}

int GC = 0;

for (char x : s.toCharArray()) {

if (x == 'G' || x == 'C') GC++;

}

double val = 100.0 * GC / s.length();

if (val > result.Max) {

result.Max = val;

result.Name = name;

}

}

out.printf("%s\n%.6f", result.Name, result.Max);

}

Disini saya memakai Scanner untuk meng-input data string. Hal itu dikarenakan di Scanner kita bisa memakai fungsi hasNext() yang berguna untuk meng-input data yang tidak diketahui banyaknya, seperti pada problem ini.

Sedangkan untuk output-nya saya memakai fungsi out.printf().Fungsi tersebut adalah modifikasi dari fungsi System.out.printf()  yang merupakan fungsi default di java. Untuk lebih jelasnya teman-teman bisa melihat kode tambahan untuk memodifikasi fungsi tersebut di versi lengkap kode saya di github. 

Sekian dari saya. Jika teman-teman ingin menanyakan sesuatu, teman-teman bisa menulisnya di kolom komentar. Semoga bermanfaat dan sampai jumpa di artikel berikutnya!

Referensi :

Sumber gambar 1 :https://www.facebook.com/ProjectRosalind/

Sumber gambar 2 :https://en.wikipedia.org/wiki/GC-content